Нет, давайте разберемся. Тут варианта может быть два.
1. Рейс на Калининград-Гдыню из Петербурга. В Петербурга все пассажиры проходят пограничный контроль, а их багаж и транспортные средства таможенный контроль, соответственно физические лица покидают территорию России, а товары - территорию ТС. В Калининграде на корабле остаются те, кто едут в Польшу, те кто выходит в Калининграде, проходят процедуры ПТК на въезд в Россию. Те, кто едут в Польшу из Калининграда, проходят ПТК на выезд. В Польше, соответственно, всем прибывшим процедура на въезд в ЕС/Шенген. Плюсом такого варианта является возможность организации магазина беспошлинной торговли на корабле.
В обратную сторону аналогично.
2а. В Петербурге ничего не происходит, но в Калининграде после высадки внутрироссийских пассажиров, приходят пограничники и таможенники и долго и нудно проверяют судно. Беспошлинный магазин на судне может работать только после отхода из Калининграда. Пассажиры в сообщении Калининград-Гданьск могут пройти ПТК на берегу и загружаться после проведения ПТК на судне.
2б. Аналогично 2а, только пассажиры сами выхламляются с корабля в Калининграде и как овечки идут на ПТК в порт. Тогда провоз автомобилей исключен.
Или я не прав? Предложите свой вариант. Я других вариантов не вижу.